1998年，国务院令第250号公布实施了《社会团体登记管理条例》。 2006年10月31日，全国人大通过了《农民专业合作社法》。这两部法律法规分别对社会团体和农民专业合作社的性质、任务、法人类型，成立登记、组织机构、监督管理、法律责任等内容作了规范。协会中涉及农村专业经济协会与农村经济合作社，两者有很多相似之处，有相同的组织成员，有相似的组织机构和议事制度，有同样的服务领域和服务对象。但是，两者在组织性质类型、组织运营依据，组织成员地位、成员财产权利等方面有根本区别。由于上述的异同，也容易使人们认识上混乱，特别是农民无所适从，原来一些协会得不到农业部门的政策支持，甚至就认为协会政府不支持停办了，协会该解散了，影响了协会正常的发展。甚至一些部门对农业经济协会采取挤压政策，合作社就给予政策资金支持，农经类协会就得不到支持，甚至让协会摘了牌子该挂合作社就优先支持。一些报刊报道过去的协会不能进行经营活动，没有法人地位，现在改成合作社一切问题都解决了，生产发展了，收入增加了。上述部门不顾民众和国家利益，追求本部门工作成绩的一己之私；报刊记者为阿谀奉迎，乘口舌之快，不负责任胡编乱造，造成了农村经济组织的混乱，农民迷惑，影响了政府的形象。 一、农经类协会和合作社的异同 1、 相同点 一是手段和目的相同。都是以农业生产的规模化、组织化为手段，加强农业产业的指导、管理、营销，进而提高生产效益和农民收入。 二是都是合法的法人主体。农经类协会是社团法人。社会团体登记管理条例第3条规定：社会团体应当具备法人条件。社会团体是国家四大法人主体之一的社团法人。农业专业合作社是在工商局注册登记的。 三是都可以进行经营活动。社会团体登记管理条例第二条规定：社会团体是为实现会员的共同意愿，按照其章程开展活动的非营利组织。第三十三条规定：从事营利性经营活动是超出宗旨和业务范围的活动应予行政处罚或追究刑事责任。所以社会团体是可以从事非营利的经营活动的，协会可以组织会员统一采购、统一管理、统一销售，只要协会不从中以牟利为目的，就符合条例的规定。 2、不同点 一是经营性质不同。农村专业经济协会属于社会团体，是非营利性经营，所有收入只能用于发展事业，不能在会员中分配。而《农民专业合作社法》规定： 农民专业合作社盈余主要按照成员与农民专业合作社的交易量（额）比例返还。 （ 第三条）农民专业合作社在弥补亏损、提取公积金后的当年盈余，为农民专业合作社的可分配盈余。可分配盈余按照下列规定返还或者分配给成员（第三十七条）。 二是会员和社员的收入形式不同。协会是通过组织零散的单一的农户有序的组织在一起，进行产前、产中、产后的统一技术指导，统一技术培训，统一农产品销售，提高自我管理水平，获得营销的话语权，使农产品的买个好价钱其收入增加，协会会员依照协会章程规定开展活动。合作社按照章程规定或者经成员大会决议确定：按成员与本社的交易量（额）比例返还，返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十；返还后的剩余部分，以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社成员。农民专业合作社的目的是开展农产品生产经营活动以获取经济利益，并按照成员出资额和交易量分配盈余，属于典型的营利性组织。 三是组织类型不同。农村专业经济协会是按照《社会团体登记管理条例》规定登记后成为社会团体法人，民政部门是登记管理机关。农村专业经济协会财产资本源于会员会费、社会捐赠、政府资助以及有偿服务收入等，会员不享有财产所有权。农民专业合作社是按照《农民专业合作社法》规定：向工商行政管理部门提交材料，申请设立登记（合作社法第13条）。农民专业合作社规定由工商部门负责登记，加入的成员必须出资，出资额的多少决定表决权，出资多的可以拥有额外表决权和更高的收益分配比例，农民专业合作社应属于工商登记的企业法人类别。农民专业合作社对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任。 成员资格终止的，农民专业合作社应当按照章程规定的方式和期限，退还记载在该成员账户内的出资额和公积金份额；对成员资格终止前的可分配盈余要向其返还（21条）。资格终止的成员应当按照章程规定分摊资格终止前的亏损及债务。合作社的成员出资具有股份性质，财产所有权和使用权实质上是分离的，合作社代表成员管理财产，成员拥有财产的实际所有权。 四是组成成员不同。 农村专业经济协会会员资格是只要与农产品生产经营服务相关，无论单位还是个人，均可加入。而农民专业合作社成员中，农民至少应当占成员总数的百分之八十。成员总数二十人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会团体成员；成员总数超过二十人的，企业、事业单位和社会团体成员不得超过成员总数的百分之五。应当说农民专业合作社以农民为成员主体，。 五是经营收益和风险不同。 农村专业经济协会是非营利组织，在依法开展活动的情况下协会会员没有经营风险，而且经营风险会由会员按照章程和协议确定的权利义务，直接承担。农民专业合作社从事农产品生产经营活动，是以一个股份公司形式出现，经营收益和风险同在。如果发生亏损，成员要承担相应的债务。《农民专业合作社法》规定： 农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任（5条）。农民专业合作社成员按照章程规定承担亏损；资格终止的成员应当按照章程规定分摊资格终止前本社的亏损及债务（18条）。 二、如何协调利用好协会与合作社之间特点为农业经济为农民服务 1、协会与合作社各有优势，对农业的发展，农民的富裕有所替代的作用，协会由于其组织分配的灵活性，它的利益分配不是在会员内部进行的，它的利益是用来协会的发展的，会员在履行职责任务的同时获得相应的权益，承担相应的风险。可以使社会各个方面有利于农业发展，农民致富的力量结合起来，形成合力，形成各会员的相应致富；有利于发挥龙头企业科研成果，行业带头人的积极性，特别是对于没有什么地域优势的农业产业，龙头的带动作用至关重要。合作社则可在组织农民生产上更好地发挥作用，合作社强调农民占的比例占80%，同时强调分配按生产数额先行分配60%，余下部分拨出资金分配，因而突出了平等性分配，因而对基层生产者的利益等有利的，所以在一村一地组织合作社是比较适宜的，在同一地域有优势的产业，成立合作社相对的更加适宜。 2、要抓好协会与合作社的相互衔接为农业生产服务。合作社在基层农村大力发展。由于其细致、清晰、指导作用强，农民利益可以有效保护，使农村一家一户形成一个团体，但也由于其细致的规定较难在跨地区、跨省市形成大的合作社，那样也难以管理。但真正要去搏击商海，走向世界，一村一个合作社，一乡一个的合作社是低标准发展的，有的合作社实际上就是在协会的基础上改了个名称，内部管理根本无法实行合作社法的理念，有其名无其实。而协会的龙头企业带头人，如没有按照合作社法规进行财务分配，还有可能触犯法律，因而，协会改名为合作社尤其要注意保护龙头企业带头人的合法权益，否则有可能使一个好协会由于改名而瓦解、垮台。 3、政府部门要发挥协调作用，为农业农民架好两个平台。首先，应当站在农业农民利益上阐述好两部法律法规。协会发展比较早但规范比较笼统，是和其他研究型、联谊型等协会一样的管理制度，相对管理线条比较粗，特别是不以赢利为目的上，需要进一步阐述并加强管理；同时农经类协会的财务管理上加强规范和监督检查的力度。