合作社联合会是在县级范围内由村级农民合作社与农民合作社再联合的农民合作社社会团体，在民政局登记注册，属于社团法人资格；注册成立时要求严格，35家基层农民合作社联合发起成立。一个县只允许成立一家农民合作社联合会，便于管理。

 合作社联合社不分区域级别，三家农民合作社就可以成立合作社联合社，在工商部门登记注册，属于工商法人资格，注册时方便，在一个县级范围内可以成立很多家合作社联合社，管理难度较大。

 从合作社联合社与合作社联合会的区别可以看出，在县级范围内组建合作社联合会，要比合作社联合社更具有规模优势，在实践运行过程中，我们发现合作社联合社是合作社与合作社纯经济再联合机构，相当于企业经济集团组织，要想长期可持续发展，合作社成员之间必须进行资金注资，经济运行总量一定要进一步增加，这样才能形成合作社联合社的规模优势；而合作社联合会是基于服务基层农民合作社为目的，只需要基础的运营资金，就可以长期的促进基层农民合作社发展，属于社会性的农民服务组织，实验证明运行成本低，效果明显，容易得到基层合作社认可。