究其原因，就是中国古代从来就没有独立的知识分子，中国古代的知识分子是依附于政治的，他们想的就是“学而优则仕”，学得好就去科举，中举了就有官做了，有官做了我干嘛要起来造反？弄不好还丢掉性命。而且儒学教导学子们三纲五常，造反就是谋逆，不忠。对中国古代知识分子来说，这个是很致命的。所以他们是考的中就做官，世道黑暗到考不中的时候就归隐，等着别人上门请他出山。知识分子一般都是在背后做幕僚，只有那些没怎么读过书，脑子没什么忠君观念的农民才敢起来造反。科举对中国是有利有弊，不可以一刀杀的。

真正的农民可能只有朱元璋成功了。
  陈胜吴广大泽乡后来被知识分子利用了，演变成楚汉争霸。
  农民起义中领头的一般都不是农民，比如刘邦就不是农民，洪秀全也不是，洪秀全还弄出个洋教呢，他是考科举没考取，起了义。李自成都不是农民。农民只是被煽动起来，去当炮灰了。更多的成功者是象李世民，赵匡胤，刘秀，曹操，司马昭这样本身就是大官僚地主的知识分子。
就算是朱元璋也是利用了知识分子才夺取的江山。而且他的性质还不一样，蒙古鞑子倒行逆施，倒台是迟早的事，他不能算是起义，只能算是赶走外来侵略。

   改朝换代不能算真正的时代变革，从秦之后的各个王朝依然是封建性质的社会。改朝换代，主要还是依靠武力，文人只能起到参谋的作用。
   一个国家要想发生真正的社会制度的改变，还是需要知识分子提出新的思想。如春秋战国时期，就有很多代表新兴地主阶级利益的思想被提出，列国也出现了三家分晋和田氏代齐等实际上封建制取代奴隶制的国家政治变革。晚清以后，也有很多进步知识分子挺身而出，参加革命，宣扬新的思想，引领时代的变革。

‍ 在整个封建时代 农民始终是被压迫着 这就决定了农民是反动者
反对压迫成了他们一代又一大代的使命
 而我们又发现最后他们的反抗
并没有迎来新的社会转型  
或说社会变革  社会性质的根本变化
因为农民具有其局限性 他的局限性的主要原因
又是由于他们没有过高的文化素养
来引领一个国家的兴起
他们所建立的政权在短时间内就会崩溃
这似乎应验了一句话  
天下分久必合 合久必分  
而作为科举制
应该在建立之初 他就体现了 社会的进步
他是中国古代选官制度的一大进步  一方面它把读书 考试 做官紧密的联系在一起  
有利于打破特权垄断 （我们知道在科举制之前 有  察举制 九品中正制  其中九品中正制可以说完全是官僚垄断的）
扩大了官吏人才来源 提高官员文化素养 另一方面 科举取仕 把选拔官吏的权力 从世家大族手中集中到中央  大大加强了中央集权  这是有利于统治  和维护国家统一的
因此从大的趋势上看 科举制 还是弊大于利的
那么为什么近代包括 你文中所说的1905年 科举制废除后 有知识分子站出来了 ？我们不能单方面看到那一点  有点片面看问题了
分析这个问题我们的从各个方面全面分析  比如 当时的社会背景 政治  经济 文化   思想 当你把这些问题都看清楚以后  你就会发现你问题的答案