多样化、混合型的农业现代化发展模式和经营形态在中国农村将长期存在，资本、劳动力、土地等要素将不断相互碰撞和重新组合；这种组合又和农村上层建筑的权力结构交织在一起，必然影响到农民合作社的发展方向以及乡村治理结构的演变。作为现代农业重要载体的专业合作社也将长期呈现异质性和多样性的特点。
在农业产业化经营中，“龙头企业+以专业农户为主体的农民专业合作社”是当前发展现代农业、增加农民(初级产品生产者)收入的可行的和现实的途径。对外来的工商企业，试图进入合作社或领办合作社，圈钱圈地、套取优惠政策，一定要保持警惕，防止侵犯农民社员利益和败坏合作社形象的事件发生。
《农民专业合作社法》是社会主义初级阶段的一部法律，它将随着合作社的发展而不断修改和完善。现阶段在中国农村出现的合作社也是处于初级阶段的合作社，呈现异质性和多样性的特点，它们也需要在发展中逐步规范，关键是朝什么方向发展?在今后合作社的发展进程中，有几个问题需要关注和研究。
1 在中国农业和农村未来的发展与改革上，许多问题都与合作社的发展紧密相关，农民专业合作社的联社如何发展?
村庄的农业生产状况具有很大的相似性，丰收年份都丰收，歉收年份都歉收。因此，村一级的农民合作社无力解决农业生产波动造成的影响。要解决这一问题，必须建立跨区域的农民合作社联社。联社规模越大，其抵御自然风险、消除农业生产波动影响的能力越强。有了联社，职业经理人施展才华就有了更大的空间，农户之间互保互助的范围能大大拓展，农村资金借贷和农业保险市场的发育环境能得到改善。它既消除了银行的风险，又免除了农户的危机。从国际合作运动的发展历史经验看，当基层的合作社发展起来、形成了一种经济力量以后，为进一步地扩大市场占有率，提高市场竞争力，实现规模效益，充分发挥合作社的经济功效，合作社之间的合作将成为必然。《农民专业合作社法》没有专门谈合作社成立联社的问题，这方面的动向值得关注。
2 如何看待农民专业合作社和农村社区组织之间的关系?
关于中国合作社的发展，有的学者认为，对于东亚小农社会而言，比较有效的发展合作社的方式，是发展多功能的综合性合作社。日本的综合农协有行政补充作用，具有一定的行政色彩。有的学者认为，中国应走日本综合农协的道路，发展以信用事业为基础，统筹销售、供应、保险、经营指导和医疗卫生等各项事业的综合农业合作社。它一方面是综合性(多目标)的合作组织，另一方面又在很大程度上履行社区的职能。
台湾地区农会兼具政治、社会、经济以及教育等四大功能，对于台湾农村现代化、农业发展以及民主政治推行有重要的贡献。农会的主要业务部门有四项：信用业务、经济合作业务、推广业务以及保险业务。台湾的农会不同于专业合作社之处，主要在于农会的多功能性，尤其信用部收受会员与赞助会员之剩余资金，再通过推广体系协助农民会员有效率地运用借贷资金，充分发挥农业金融的功能。
中国在农村改革后，也试图建立将社区功能与多目标的服务功能结合在一起的社区合作组织。1984年中央1号文件提出，“为了完善统一经营和分散经营相结合的体制，一般应设置以土地公有为基础的地区性合作经济组织。”中央文件《把农村改革引向深入》(中央政治局1987年1月22日通过)中明确提出：“乡、村合作组织主要是围绕公有土地形成的，与专业合作社不同，具有社区性、综合性的特点”。
尽管在以后的农村改革实践中，中央文件给社区合作组织规定的“生产服务、管理协调、资产积累、资源开发”四项职能在大多数村一级组织中未能很好地履行，但包括农用地和农村集体建设用地在内的农村土地公有(集体所有)这一特性构成了村组社区组织从事经济活动的法理基础。正因为此，农村的社区组织不可能像一些学者设想的将来转化为类似城市居委会的组织。这一特性也就决定了中国农村的社区组织是专业合作经济组织的母体和摇篮；在专业合作社的发展进程中，土地承包经营权的流转，用水、用电等资源的配置和利用，都离不开村社区组织。
在《农民专业合作社法》颁布后，随着地方政府重视程度的提高，专业合作社的功能增加、作用增强。 合作社经济上越是活跃，与村社区组织之间产生的经济联系就越多，中国村一级范围内的专业合作社与村社区组织的碰撞与融合的问题也就越来越突出。
由于对现有制度安排的路径依赖，在村一级不可能视而不见现存的制度和组织，另起炉灶。但现在村级组织的行政化色彩越来越浓，如何改造和创新现有组织?
一种路径是村社区组织的领导也来领办专业合作社，村一级范围内的专业合作社与社区合作社的重合，把服从上级命令和满足农民的需求相结合。现在我们看到的一些案例就是村干部主导组建专业合作社，合作社的领导也就是村的领导，合作社与村委会、党支部之间的关系自然很紧密。在农村土地集体所有制的框架内，土地流转也需要村级社区组织的扶持、协调和引导，合作社从事的一些基础设施建设又与社区组织的职能相交叉；所调查案例村的专业合作社与社区组织在很大程度上功能是交叉融合的，这种类似的案例在各地农村并不少见。
另一种路径是专业合作社与社区组织没有联系。专业合作社逐渐发展壮大，领导人逐渐成为社区组织的领导人。
此外，农民专业合作社与村社区组织交叉融合，发展农村的信用合作，改进乡村基层的治理结构，这也可能是农村发展的一条路径。
3 农民土地股份合作社的未来走向如何?
在农村土地承包经营权的流转问题上，十七届三中全会《决定》提出：“在明确现有土地承包关系要保持稳定并长久不变的同时，按照依法自愿有偿原则，允许农民以转包、出租、互换、转让、股份合作等形式流转土地承包经营权，发展多种形式的适度规模经营”。实行家庭承包经营制后，分散的小农家庭经营模式如何实现规模经济?小规模农户如何走上农业现代化道路?
我国各地从1980年代后就开始进行各种探索，这种探索的特点和导向是强调农户之间的联合与合作。这种探索坚持农户的自愿加入原则，不改变家庭承包经营性质，不改变农户原有的土地承包关系，不变更土地权属，不转变土地用途。在实践中，一些农户把自主经营的土地流转出来，以农村土地承包经营权入股组建农民专业合作社。
在土地流转工作的推进下，一批以土地流转为发展基础的种植业农民专业合作社，立足当地产业优势，借着政府搭建的平台，迅速发展壮大，促进了农民持续增收，带动了农业结构调整和现代农业发展。这种探索实际上是农户自己通过组建合作社，让合作社自身成为具有一定规模的农业企业，从而使农户成为企业的主人(所有者)。这种模式既实现了农业的规模经营，促进了现代农业的发展，又避免了工商资本进入农业、大规模租赁农户承包地可能产生的负面影响。这是中国特色农业现代化道路的一种值得注意的有可能具有导向性和示范性的模式。
4 农民专业合作社开展信用合作的未来进展与走向如何?
世界各国农村金融发展的实践证明，在多元化、竞争性的农村金融体系中，合作金融应是其中一个重要的组成部分。从理论上讲，我国农村金融体系也包括商业性金融、政策性金融和合作金融三大板块。但现在农民所拥有、为农民提供金融服务的正规的农民合作金融组织在中国还没有发展起来，这也是中国农村金融改革的难点之一。农业中的适度规模经营正在形成，但配套的金融政策没有跟上来。湖北京山县峥嵘农庄种植专业合作社的社长刘若峥转包经营农地1290亩，自己拥有大型农机具87台，每年要缴80余万元的承包费。但他2009年只贷到信用社1年期贷款4万元，农行3年期贷款3万元。合作社社员只能以个人名义去贷款，以合作社的名义贷不出款来。农村信用合作的缺失是合作社发展的最大制约，没有合作金融的支持，中国的农民专业合作社也很难发展壮大起来。十七届三中全会《决定》提出，“允许有条件的农民专业合作社开展信用合作”。但在商业金融、政策金融和民间借贷已经主导农村金融格局的情势下，信用合作能否发展起来?各地正在发展的农民资金互助组织能否形成体系、形成气候?值得关注。
5 如何建立和发展农民专业合作社与城市消费市场的直接联系?
2009年12月，农业部部长韩长赋在全国农业工作会议上提出，从实践看，专业合作社和超市对接是一个好形式。要扩大农超对接试点工作，支持农民专业合作社建设储藏保鲜设施，带动农产品生产标准化、规模化，增加附加值。在农超对接方面，日本的经验值得借鉴。
在日本，由于中高龄及女性成为农业劳动力主体，消费者需要安全、放心、新鲜、便宜的农产品，各地农产品直销、直贩的流通新模式(“产地直结”)迅猛发展，促进了生产者和消费者的直接结合。农产品直销流通成功的最大原因是通过农协和生协(注：消费者合作社)联合组织的“多种类小批量生产”和“周年生产、周年销售”的形式。
6 如何正确处理合作社与政府之间的关系?
合作社发展要与当地经济发展阶段相适应，是一个水到渠成、因势利导的过程。在这个过程中，应以农民自愿为原则，政府应鼓励、引导和支持农民专业合作社的发展，但不能干预，只起一个“催化剂”的作用。尤其要防止定指标、下任务，拔苗助长。但这些原则真正做到很难。
在当前形势下，地方政府往往把发展合作社作为自己政绩的体现。有的县提出消灭空白村，村村建合作社。在现行的行政管理体制和干部考核晋升机制的影响下，政府对合作社发展的过度干预而不是恰当扶持的弊端很难消除。
地方政府正在进行职能的转换，政府应从全能型政府转为有限功能的政府，从管理型政府转为服务型政府，在一些领域中，政府要有意识地退出，但问题是谁来接手呢?基层政府“在履行好政府职能的同时，要把不应该由政府承担的经济和社会事务交给市场、中介组织和村民自治组织”。一些案例显示，合作社在一些领域已经接手政府职能转换后让出的一部分职能，开始具有在“政府失灵”和“市场失灵”情况下的一种替代性功能。事实证明，在出现问题时，如由政府直接出面，交易成本高，效果往往不好。 而政府退到后台，由在群众中享有较高威信的合作社领导人出面，利用合作社的网络系统，就能办成政府办不到的事情，稳定和促进当地经济社会的发展。当前，在一些地区，基层领导已经逐步形成“发展农民专业合作社就是发展农业，扶持农民专业合作社就是扶持农业”的共识，这是一个令人鼓舞的趋向。
如果农民专业合作社真正能以专业农民为主体，由他们在制度安排上进行大胆的探索，他们必能应对面临的挑战，解决令我们困惑的问题，其成功或失败的经历都将丰富合作社的理论与实践，并为国际合作社运动作出应有的贡献。