捻军由捻党发展而来。太平天国起义爆发特别是北伐军入豫后，皖北和河南各地捻党乘机起事，迅速发展壮大成为北方地区最大的农民起义军—— 捻军。

北伐军进入河南，各地捻党纷起响应，仅豫东揭竿起事者就近百起。全省较为著名的有南阳角子山乔建德， 南召李大、 李二， 永城苏天福、 李月， 夏邑王贯三、 宋喜元， 固始任二皮、 刘疙瘩， 霍丘、 固始边界李昭寿、 薛之元， 确山雷六等部， 人数多者数千， 少者数百， 攻城杀官， 与太平军紧密配合， 向清朝封建统治发动猛烈的冲击。咸丰五年（1855年） 秋， 豫皖边各路捻军首领齐集亳州雉河集， 举行了著名的“雉河集会盟”， 拥张乐行为“大汉盟主”， 并建立了黄、 白、 红、 黑、 蓝五旗军制。永城苏天福任黑旗总目，称顺天王。从此捻军发展成为与太平军并驾齐驱的农民起义 大军。 河南是捻军的主要活动地区之一。
19世纪50年代， 作为主力驰骋中原的是皖北捻军；60年代初， 豫南捻军勃兴，成为反清斗争的中坚；随后，皖、豫捻军与太平天国西北远征军汇集黄河以南， 同歼强敌；60年代后期， 东西捻军的英勇抗争，在近代中国人民反帝反封建斗争史上谱写出光辉的篇章。
（一） 皖北捻军三次大捷雉河集会盟后， 蒙（蒙， 安徽省的蒙城县）亳捻军即向守备力量薄弱的州县开展攻势作战，连续进出夏邑、永城、 虞城和围攻归德府城， 声威大振。咸丰六年（1856年）春，清廷严令河南巡抚英桂和在皖北统率地主武装的袁甲三（项城人） 等“剿办”河南捻军。袁等集合各路兵勇和地主团练三四万人，利用捻军组织松散、指挥不统一和装备低劣的弱点， 攻占了雉河集， 迫使捻军转入防御作战。

为了消灭共同的敌人，咸丰七年（1857年）春， 捻军与正在皖北作战的太平军陈玉成、 李秀成等部联合， 接受太平天国领导（封号） ， 两支农民军队并肩战斗， 逐渐使形势改观。
咸丰七年二月（1857年3月） ，张乐行率军由正阳关入固始三河尖。九日（4日） ， 与太平军合攻固始桥沟， 击溃清军， 乘胜进围固始城。巡抚英桂急忙亲至新蔡， 赶调颍州的副都统衔帮办河南军务的胜保部驰援。清军乘捻军、 太平军3路出击、 力量分散之机， 集中兵力解固始之围。捻军于三月中旬退驻三河尖，以此为依托，与清军展开了激烈的争夺战。为支援捻军，太平军亦派薛之元率一支部队，在息县、光州地区游击活动。清军以胜保为主， 河南巡抚英桂和南阳镇总兵邱联恩等配合，利用捻军内部的地域观念和宗派观念进行挑拨离间，同时又严格控制水陆交通，断绝捻军的粮食和火药接济。张乐行等一面坚守壁垒，一面分兵进向光州、固始、 息县等县， 一度再攻固始城， 以分敌势； 但胜保仍集中兵力强攻捻军坚守的柳沟大寨。

捻军既缺粮草，又缺火药，皖北太平军又受清军牵制， 不能驰救， 五月二十五日（6月16日） ， 三河尖被清军占领， 捻军退入皖北。 咸丰八年正月（1859年2月） ，皖北捻军和太平军陈玉成部利用豫南防务稍弛之机，集中5万余人，再次围攻固始，先占领固始城东的南岗，筑垒开壕，挖掘地道。初四日（2月17日） ， 成功地在城东奎星楼用火药炸塌城墙数丈， 乘机奋勇突上。守城团练拼死抢堵缺口。外线的清军胜保、 李孟群（安徽布政使） 各部又从背后猛攻， 捻军和太平军只好收兵。
正月十八日（3月3日） ， 虽又一次于城东南轰塌城墙10余丈，但均因强敌内外夹攻，仍未能攻入城内。同时，清军一部在皖西发起攻势， 陈玉成被迫率军西援。二月二十三日（4月6日） ， 韦俊、 韩奇峰只好分别统率太平军和捻军撤向安徽六安。 以后数月，主战场虽在皖北，但各支捻军仍多次入豫活动。先有太和捻军尹老臧部万余人， 于咸丰八年二月下旬（4月上旬） 入攻鹿邑、 沈丘、 淮宁诸县， 亳州捻军苏梦月部数千人亦进入商丘境，豫东捻军苏天福、赵浩然等部数万人则往来于永城、 夏邑、 商丘、 鹿邑等地， 吸引了大批清 军， 使其不能并力于皖北。八月（9月） 初， 捻军黑、 白两旗又经永城， 于十八日（24日） 进围宁陵城。十月中旬（11月下旬） ， 蒙、 亳捻军孙葵心等部复分3路入豫， 攻归德府城， 往来于柘城、 太康、 周家口等地， 吸引了大批河南清军， 有力地支援了皖北捻军的抗清斗争。

咸丰九年（1859年） 初， 皖北捻军复大队入豫。二月十日（3月14日） ， 孙葵心部捻军马、 步二三万人从太和出发，次日兵分3路向睢州（今睢县） ，克宁陵，又攻商丘的观音堂，再回商丘城，十七日（21日） 破睢州，转西华。在清军邱联恩部追击下，二十二日（26日） ，主力撤至舞阳北舞渡。邱联恩率3000人于二十五日（29日） 尾追而至。捻军沿沙河西岸设防， 步队配置在来坡村北轳桥（又名吃虎桥） 附近， 马队分扎两翼， 严阵以待。邱联恩将步马分为3队， 向北轳桥进攻。捻军步队坚决抗击，两翼骑兵突起， 将清军紧紧包围。邱联恩率众左突右挡， 士卒死伤累累。战至薄暮，捻军发起总攻，将邱联恩击毙，3000人马大部被歼，残部败退许州。捻军取得了入豫作战以来的首次大捷后， 取道西华、 淮阳、 鹿邑， 送战利品回亳稍事休整。
八月（9月）各旗捻军重入豫东。九月二十四日（10月19日） ， 于睢州城外大败清军承惠部， 后经通许、 尉氏西进，经禹州复南向入舞阳境， 十月初五日（10月30日） ， 进围郾城。清军副都统关保、 河北镇总兵崇安等部追至， 截击捻军于郾城和临颍外郊。捻军迎战失利， 分道退回皖北。 皖北捻军连续入豫的主要目的是“打粮”—— 夺取地主富人的财富，无意于攻据城池；加上装备很差，多数战士只 有木棍， 连刀矛也不齐备， 所以流动性很大。河南官府有鉴于此， 就严令边境各县普办地主武装（团练） ， 并强令归（归德， 今商丘） 、 陈（陈州， 今淮阳） 两府人民“坚壁清野”， 在四乡修筑寨堡， 以图困死捻军。
咸丰十年（1860年） 春， 清廷又制定“划地分防、 联兵协剿”的方策， 以副都统胜保“督办河南剿匪事宜”，与河南巡抚庆廉一道专办河南军务， 在归德、 永城边境驻屯重兵。捻军孙葵心等部遂于三月上旬（3月下旬） 改由豫东南入豫， 取道罗山、 正阳等地， 快速北上， 再次进入归德府境， 月中， 直逼省城开封。十七日（4月7日） 在开封白酒店与胜保部大战， 缴获清军大批军械，复折攻禹州、密县，与追击的清军战于许州北关， 受挫， 乃东攻柘城。
闰三月十四日（5月4日） ， 在太康县朱口集附近的马埠与关保所部川北镇总兵王凤祥军接战。捻军五色旗蔽地而来， 奋勇攻击， 清军3000余人被四面包围， 全部被歼， 王凤祥、 荆紫关副将王庆长、 都司王仕林俱毙命。清廷遂将胜保撤职，改由庆廉督办河南军务。捻军取得入豫作战第二次大捷， 随后重返皖北。
七月（8月） ， 皖北蒙亳地区大雨成灾， 而河南秋收在望。捻军首领刘玉渊、雷彦、宋喜元、苏添才等率4万余人，由亳州再次挺进河南。七月五日（8月21日） ，捻军分3路包抄薛庙清军大营，迅即将敌人击溃；得知关保由鹿邑发兵驰救， 就立即转攻鹿邑东关。及至清军回防， 捻军又转往柘城、 太康， 七月二十九日（9月14日） 直抵陈州城下， 因清军防守较严，便游弋于周口、商水、上蔡、汝阳（今汝南、平舆） 等地， 将清军河北镇总兵承惠等部拖得疲累不堪。随 后捻军于汝阳野猪岗布阵。
八月六日（9月20日） ，承惠率部进抵，捻军又分出一部迂回至清军背后，切断其退路，将8000敌兵分割包围。猛烈的战斗自中午一直进行到日落，清军大部被歼，包括承惠在内的清军官弁10余人均被击毙，取得了皖北捻军入豫作战的第三次大捷。随后又由光、 固出境返皖。 在皖北捻军连番入豫的同时， 河南省内捻军也四处活动， 其中规模较大的是豫西南捻军。咸丰六年六月（1856年7月） 以李太春为首的一群破产农民在西平、 遂平、 确山交界的角子山“结捻”， 不断出战于平顶山、 叶县、 宝丰、 鲁山等地，吸收了大批煤矿工人和饥民，队伍迅速扩大至数千人。

次年五月， 大队由确山、 西平、 郾城、 临颍一线进向许州（许昌） ， 击溃开封营守备程金升等部清军、 团勇。内乡、镇平捻军同时也向嵩县、伊阳一带进军，闰五月十六日（7月7日） ， 在禹州城北设伏， 大败河南按察使周士镗所率清军， 队伍扩展至4000余人。两支捻军互相呼应， 使各地清军兵勇疲于奔命。河南巡抚英桂于是亲率所部赶赴周家口“督剿”。捻军发挥机动灵活的战术， 在泌阳、 舞阳一带与清军周旋， 乘机于八月二十五日（10月12日） 、 九月初七日（10月24日） 围攻泌阳、 确山等城。英桂檄调河陕汝道 夏云岫部扼西路（鲁山） ， 汝宁知府祁之铨防东路（遂平） ，而后集中南阳镇总兵邱联恩等部作为进攻主力，在确山外郊咬住捻军。经过一场激战， 捻军损失了数千人， 遂于九月中旬（10月下旬） 夺路返回角子山。以后时出时入， 牵制了清军大批兵力， 给皖北捻军以有力的配合。