国民政府成立以后，在国统区的农会组织大体经历了两个阶段，即以1928年《农民协会组织条例》和1930年《农会法》为标志重建阶段，以1938年《各级农会调整办法》为标志的整顿阶段。
1928 年7月国民党中央执行委员会议决并交国民政府公布施行了《农民协会组织条例》，但是，由于对大革命时期农民运动所造成的后果的担心，这一条例并没有得到落实，特别是象湖南这些农运的"重灾区"，没有开始农会的重建工作。
1930年1月国民党中央民众训练部制定的《农民运动方案》中指出："以前本党的的同志，因为不太注意农民运动"，"可以说完全让共产党给包办了"，"所以才教共产党恣所欲为，把农民害得稀糟，使农民由怀疑革命而仇视革命，现在我们于民众新创之际，又来作农民运动，不免先与农民以惊惧的印象，所以农民动动的方法，应特别注意。不在打倒某土劣就算完事，尤在训练农民帮同国家作种种的建设，这便是最近作农民运动的一个最重要的信条"。为此，国民政府在1930年12月制定颁布了《农会法》。这一法案较之1928年的《条例》有许多不同，这些改变实际上反映了国民政府对待农民组织的态度发生了根本性的变化。首先，《条例》将这些组织定为"农民协会"这与大革命时期相联系的名称，而农会法则定命为"农会"。其次，在会员资格方面，《条例》规定，凡从事农业劳动之农民即自耕农，半自耕农，佃农，农村中之手工业者，及在农村中为体力的劳动者，不分性别，年龄在16岁以上者，可为农民协会会员。而以重利盘剥农民之土豪劣绅；作帝国主义者工具之买办；吸食鸦片及嗜财博者不得为农民协会会员。在组织体制上也采用了大革命时期的许多做法，《农会法》则规定，有农地者，耕作农地面积在十亩以上，或园地面积在三亩以上之佃农，中等以上学校毕业，习农业者，均需年满27岁者得为乡农会或市区农会之会员。但褫夺公权，尚未复权者；有反革命行为，经判决确定者；禁治产者不得为农会会员。可见，《农会法》已基本上将农会从农村劳动者为主体的组织改变为以农村有产阶级为主体的组织。再次，《条例》对农民协会的任务没有作出界定，而农会法则界定得非常明确，它规定，农会以发展农民经济，增进农民智识改善农民生活，而图农业之发达为宗旨。具体指导农民及协助政府或自治机关的事项是：土地水利之改良；种子肥料及农具之改良；森林之培植及保护；水旱虫灾之预防及救济；农业教育及农村教育之推进；公共图书室、阅览室之设置；公共娱乐之举办；生产、消费、信用、仓库等合作事业之提倡；治疗所、托儿所及养老救济事业之举办；粮食之储积及调济；荒土之开垦；其他关于农业之发达改良。最后，在组织系统和组织程序等方面，《农会法》较之《条例》更为严格。如《条例》规定，组织区乡农会，须同一乡或区之农民45人以上连署，提出立案请求书，并附章程及职员履历，会员名册各二份，呈由当地党部认可，向当地官署请求立案。而《农会法》则要求，乡、市区农会之设立，应在该区域内，有会员资格者五十人以上之发起，及全体三分之一以上同意，才能报批。
《农会法》颁布实施后，各地开始在国民党控制下进行了农会的重建工作。据国民党中央民众训练部和社会部分别调查，1935年，全国有省农会2个（浙江、贵州），甲种市农会4个（南京、上海、广州、北平），县市农会692个，区农会3508个，乡农会28330个，基本会员3361420人。到1938年，国统区共有省农会2个，市农会4个，县市农会715个，区农会3391个，乡农会28064个，共有会员34681000人。与1935相比，县市区农会组织均有增加，乡农会组织却略有减少，而会员较1935年的基本会员却增加了10倍。湖南省在1935年共有县（市）农会有55个，区农会393个，乡农会为2533个，会员总数为468639，占全国的13.94%。
国民党进行农会组织的重建目的是“一方面提高其社会道德，增进其智识技能，促进其生产与生产额，以达到改善生计之目的；一方面健全其组织，对内则使其协助政府，实行本党之土地政策，并以全力肃清共产土匪，以求社会安宁，而促进地方自治；对外则提高其民族意识，启发其自卫能力，共救国家民族之危亡”。为此 1933年7月，国民党第四届中央执行委员会第七十八次常务会议通了中央民众训练部制定的《农人运动指导纲领》纲领规定，农会以党部辅导农人，自行组织为原则；农会组织实行民主集权制；省市以下农会采系统组织，以乡农会或市区农会为其基本团体。采取先行组织基本团体为原则，基本团体组织完成后，经过相当时期之指导与考核，认为健全时，始得依法逐级合组上级农会。农会的核心职责就是"指导农人，改良农村组织，积极参加地方自治工作，并切实举办清乡保甲等"。
1938 年国民党中央社会部制订的《各级农会调整办法》称"我国农民运动，自民国十六年以还，渐趋消沉，各级农会虽多依法组织，而实质极为空虚，工作几近废弛。际此抗战建国时期，本党负有领导农运之责，亟应唤起占全国人口百分八十以上农民之国家意识，使其组织臻于健全，积极从事抗战建国工作，实为当务之急" 。为了防止共产党对农会组织的利用，这个调整方法规定，“凡原有县以下之区农会，依法一律撤销”；“农会职员须以会员充任为原则，农业知识分子须立于协助农民改良技术推行合作之立场，参与农会工作，其不合于本条之规定者，应即改选”；“凡市、县以下之各级农会，须与壮丁训练工作及地方自卫组织取得密切联系”；国民党各省市党部“应分期派员视导，并考核其效能，报部备核”。 1939年国民党中央执行委员会社会部核准施行的《农会组织须知》规定，农会以发展经济，增进农民知识，改善农民生活而图农业之发达为宗旨。由国民党部辅导农民自行组织，禁止非现在从事农业者参加。随着抗日战争的发展，对于战区农会组织，国民党要求以策动自卫或游击队之组织为中心工作。到1943年国民政府修正公布了《农会法》。该法规定，农会以发展经济，增进农民知识，改善农民生活，而图农业大发达，并协助政府关于国防及生产等政令之实施为宗旨，具体职责与原《农会法》没有多大变化，主要还是些有关农村经济发展和社会公共事业的兴建等问题，但将完成政府机关之咨询及委托事项作为了一项任务。在这一法令指导下，全国各地相继在乡镇一级建立了许多农会组织。只不过这些农会组织名义上以发展农民经济，增进农民智识，改善农民生活为宗旨，其实，已成为了农村少数上层人士的组织，是国民党同共产党争夺农民领导权的组织，“各级农会纯粹成为县政府执行征兵、派夫、农林、水利、生产等政令的工具” 。是农村基层政权的补充形式，对乡村社会秩序的重建的影响相当有限。